1998年，临床医学三系开始设立内科、外科 2 个教研室，教学工作从无到有，开始接收 94 级临床医学重点班 30 名实习医学生的教学工作、95级临床理论课教学及七年制硕士生指导培养工作。第一批完整培养的 97 级医学生毕业于 2002 年。随后，作为医学院七年制教学改革试点院系，临床医学三系率先实施“见习医师制度”改革。
邵逸夫医院医学模拟中心拥有丰富的现代化的虚拟仿真教学资源，形成基于临床需求的中心化的医学虚拟仿真教学体系。模拟中心教学空间4000余方，拥有临床思维模拟训练系统、实时3D重建解剖、影像及手术计划训练系统、高仿真综合模拟训练系统、临床技能综合训练与OSCE考核系统、腹腔镜手术模拟训练系统以及多媒体监控等训练与考核系统与平台，是国家级住院医师规范化培训基地。
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